User:Michael Strong/H1N1/NP

home • H1N1 •  PB2 • PB1 •  PA  • HA •  NP •  NA •  MP •  NS

Protein Structural Homolgy Model


Sequence Polymorphisms
All Polymorphisms

Multiple Sequence Alignment
H1N1 Swine Flu Multiple Sequence Alignment of NP Protein, 67 sequences

gi|229536005_A/Kansas/03/2009      --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229783384_A/New_York/1669/2     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229536077_A/Indiana/09/2009     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|227831778_A/California/06/2     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|227831761_A/California/05/2     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229462701_A/Valencia/GP4/20     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229462713_A/Pais_Vasco/GP20     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229462689_A/Castilla-La_Man     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229536066_A/Texas/07/2009       --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229536024_A/Minnesota/02/20     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229536038_A/Arizona/02/2009     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229783405_A/New_York/1682/2     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|237511891_A/Mexico/4486/200     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|237511915_A/Mexico/4108/200     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|227977162_A/California/07/2     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229536012_A/Arizona/01/2009     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229598884_A/Texas/15/2009       --MASQGTKRSYEQMETDGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229299508_A/Texas/05/2009       --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|227831792_A/Texas/05/2009       --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229299528_A/Texas/04/2009       --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|227831819_A/Texas/04/2009       --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|227977106_A/California/04/2     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|227809832_A/California/04/2     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229396465_A/Texas/06/2009       --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229462725_A/Castilla-La_Man     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229535799_A/Texas/09/2009       --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229535951_A/Texas/08/2009       --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229535999_A/Kansas/02/2009      --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|237511917_A/Mexico/4115/200     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229536057_A/New_York/20/200     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229396355_A/New_York/12/200     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229536051_A/New_York/20/200     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229396481_A/New_York/19/200     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|237511911_A/Mexico/4482/200     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|237511913_A/Mexico/4603/200     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|237511895_A/Mexico/4604/200     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229783369_A/Korea/01/2009       --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229535818_A/California/14/2     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229535905_A/Massachusetts/0     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229536096_A/Massachusetts/0     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229536109_A/Michigan/02/200     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229536123_A/New_York/13/200     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229535786_A/New_York/22/200     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229396367_A/New_York/06/200     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229396437_A/New_York/10/200     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229396377_A/New_York/11/200     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229396453_A/New_York/15/200     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229396393_A/New_York/18/200     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229396417_A/New_York/23/200     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229396406_A/New_York/31/200     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229598873_A/Ohio/07/2009        --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229396492_A/Ohio/07/2009        --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|237511901_A/Mexico/4516/200     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229892750_A/Canada-AB/RV153     MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 50 gi|229892746_A/Canada-ON/RV152     MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 50 gi|229892748_A/Canada-ON/RV152     MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 50 gi|229484052_A/Canada-ON/RV152     MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 50 gi|229892744_A/Mexico/InDRE411     MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 50 gi|229484050_A/Mexico/InDRE448     MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 50 gi|229396423_A/California/08/2     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229535987_A/South_Carolina/     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229536131_A/Colorado/03/200     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229892752_A/Canada-NS/RV153     MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 50 gi|229536102_A/Nebraska/02/200     --MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 44 gi|229892742_A/Canada-NS/RV153     MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 50 gi|229484048_A/Canada-NS/RV153     MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMC 50 gi|237624329_A/swine/Alberta/O     MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASAGRMIGGIGRFYIQMC 50 ***************.************.***************

gi|229536005_A/Kansas/03/2009      TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229783384_A/New_York/1669/2     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229536077_A/Indiana/09/2009     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|227831778_A/California/06/2     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|227831761_A/California/05/2     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229462701_A/Valencia/GP4/20     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229462713_A/Pais_Vasco/GP20     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229462689_A/Castilla-La_Man     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229536066_A/Texas/07/2009       TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229536024_A/Minnesota/02/20     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229536038_A/Arizona/02/2009     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229783405_A/New_York/1682/2     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|237511891_A/Mexico/4486/200     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|237511915_A/Mexico/4108/200     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|227977162_A/California/07/2     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229536012_A/Arizona/01/2009     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPNAGKDPKKTGG 94 gi|229598884_A/Texas/15/2009       TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229299508_A/Texas/05/2009       TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|227831792_A/Texas/05/2009       TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229299528_A/Texas/04/2009       TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|227831819_A/Texas/04/2009       TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|227977106_A/California/04/2     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|227809832_A/California/04/2     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229396465_A/Texas/06/2009       TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229462725_A/Castilla-La_Man     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229535799_A/Texas/09/2009       TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229535951_A/Texas/08/2009       TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229535999_A/Kansas/02/2009      TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|237511917_A/Mexico/4115/200     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229536057_A/New_York/20/200     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229396355_A/New_York/12/200     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229536051_A/New_York/20/200     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229396481_A/New_York/19/200     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|237511911_A/Mexico/4482/200     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|237511913_A/Mexico/4603/200     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|237511895_A/Mexico/4604/200     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229783369_A/Korea/01/2009       TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229535818_A/California/14/2     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229535905_A/Massachusetts/0     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229536096_A/Massachusetts/0     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229536109_A/Michigan/02/200     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229536123_A/New_York/13/200     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229535786_A/New_York/22/200     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229396367_A/New_York/06/200     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229396437_A/New_York/10/200     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229396377_A/New_York/11/200     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229396453_A/New_York/15/200     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229396393_A/New_York/18/200     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229396417_A/New_York/23/200     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229396406_A/New_York/31/200     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229598873_A/Ohio/07/2009        TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229396492_A/Ohio/07/2009        TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|237511901_A/Mexico/4516/200     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229892750_A/Canada-AB/RV153     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 100 gi|229892746_A/Canada-ON/RV152     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 100 gi|229892748_A/Canada-ON/RV152     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 100 gi|229484052_A/Canada-ON/RV152     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 100 gi|229892744_A/Mexico/InDRE411     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 100 gi|229484050_A/Mexico/InDRE448     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 100 gi|229396423_A/California/08/2     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229535987_A/South_Carolina/     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229536131_A/Colorado/03/200     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229892752_A/Canada-NS/RV153     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 100 gi|229536102_A/Nebraska/02/200     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 94 gi|229892742_A/Canada-NS/RV153     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 100 gi|229484048_A/Canada-NS/RV153     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 100 gi|237624329_A/swine/Alberta/O     TELKLSDYDGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGG 100 ***************************************.**********

gi|229536005_A/Kansas/03/2009      PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGITHIMIWHSNLN 144 gi|229783384_A/New_York/1669/2     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGITHIMIWHSNLN 144 gi|229536077_A/Indiana/09/2009     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|227831778_A/California/06/2     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|227831761_A/California/05/2     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229462701_A/Valencia/GP4/20     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229462713_A/Pais_Vasco/GP20     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229462689_A/Castilla-La_Man     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229536066_A/Texas/07/2009       PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229536024_A/Minnesota/02/20     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229536038_A/Arizona/02/2009     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229783405_A/New_York/1682/2     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|237511891_A/Mexico/4486/200     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|237511915_A/Mexico/4108/200     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|227977162_A/California/07/2     PIYRRVDGKWMRELILYDKXEIRRVWRLANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229536012_A/Arizona/01/2009     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229598884_A/Texas/15/2009       PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229299508_A/Texas/05/2009       PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|227831792_A/Texas/05/2009       PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229299528_A/Texas/04/2009       PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|227831819_A/Texas/04/2009       PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|227977106_A/California/04/2     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|227809832_A/California/04/2     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229396465_A/Texas/06/2009       PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229462725_A/Castilla-La_Man     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229535799_A/Texas/09/2009       PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229535951_A/Texas/08/2009       PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229535999_A/Kansas/02/2009      PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|237511917_A/Mexico/4115/200     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229536057_A/New_York/20/200     PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229396355_A/New_York/12/200     PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229536051_A/New_York/20/200     PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229396481_A/New_York/19/200     PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|237511911_A/Mexico/4482/200     PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|237511913_A/Mexico/4603/200     PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|237511895_A/Mexico/4604/200     PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229783369_A/Korea/01/2009       PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229535818_A/California/14/2     PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229535905_A/Massachusetts/0     PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229536096_A/Massachusetts/0     PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229536109_A/Michigan/02/200     PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229536123_A/New_York/13/200     PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229535786_A/New_York/22/200     PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229396367_A/New_York/06/200     PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229396437_A/New_York/10/200     PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229396377_A/New_York/11/200     PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229396453_A/New_York/15/200     PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229396393_A/New_York/18/200     PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229396417_A/New_York/23/200     PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229396406_A/New_York/31/200     PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229598873_A/Ohio/07/2009        PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229396492_A/Ohio/07/2009        PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|237511901_A/Mexico/4516/200     PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229892750_A/Canada-AB/RV153     PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 150 gi|229892746_A/Canada-ON/RV152     PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 150 gi|229892748_A/Canada-ON/RV152     PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 150 gi|229484052_A/Canada-ON/RV152     PIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 150 gi|229892744_A/Mexico/InDRE411     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 150 gi|229484050_A/Mexico/InDRE448     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 150 gi|229396423_A/California/08/2     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229535987_A/South_Carolina/     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229536131_A/Colorado/03/200     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229892752_A/Canada-NS/RV153     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 150 gi|229536102_A/Nebraska/02/200     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 144 gi|229892742_A/Canada-NS/RV153     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 150 gi|229484048_A/Canada-NS/RV153     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 150 gi|237624329_A/swine/Alberta/O     PIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLN 150 *****:************* ******* **********:***********

gi|229536005_A/Kansas/03/2009      DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229783384_A/New_York/1669/2     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229536077_A/Indiana/09/2009     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|227831778_A/California/06/2     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|227831761_A/California/05/2     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229462701_A/Valencia/GP4/20     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229462713_A/Pais_Vasco/GP20     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229462689_A/Castilla-La_Man     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229536066_A/Texas/07/2009       DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229536024_A/Minnesota/02/20     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229536038_A/Arizona/02/2009     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229783405_A/New_York/1682/2     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|237511891_A/Mexico/4486/200     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|237511915_A/Mexico/4108/200     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|227977162_A/California/07/2     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229536012_A/Arizona/01/2009     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229598884_A/Texas/15/2009       DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229299508_A/Texas/05/2009       DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|227831792_A/Texas/05/2009       DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229299528_A/Texas/04/2009       DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|227831819_A/Texas/04/2009       DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|227977106_A/California/04/2     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|227809832_A/California/04/2     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229396465_A/Texas/06/2009       DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229462725_A/Castilla-La_Man     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229535799_A/Texas/09/2009       DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229535951_A/Texas/08/2009       DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229535999_A/Kansas/02/2009      DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|237511917_A/Mexico/4115/200     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229536057_A/New_York/20/200     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229396355_A/New_York/12/200     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229536051_A/New_York/20/200     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229396481_A/New_York/19/200     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|237511911_A/Mexico/4482/200     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|237511913_A/Mexico/4603/200     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|237511895_A/Mexico/4604/200     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229783369_A/Korea/01/2009       DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229535818_A/California/14/2     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229535905_A/Massachusetts/0     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229536096_A/Massachusetts/0     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229536109_A/Michigan/02/200     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229536123_A/New_York/13/200     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229535786_A/New_York/22/200     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229396367_A/New_York/06/200     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229396437_A/New_York/10/200     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229396377_A/New_York/11/200     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229396453_A/New_York/15/200     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229396393_A/New_York/18/200     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229396417_A/New_York/23/200     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229396406_A/New_York/31/200     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229598873_A/Ohio/07/2009        DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229396492_A/Ohio/07/2009        DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|237511901_A/Mexico/4516/200     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229892750_A/Canada-AB/RV153     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 200 gi|229892746_A/Canada-ON/RV152     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 200 gi|229892748_A/Canada-ON/RV152     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 200 gi|229484052_A/Canada-ON/RV152     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 200 gi|229892744_A/Mexico/InDRE411     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 200 gi|229484050_A/Mexico/InDRE448     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 200 gi|229396423_A/California/08/2     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229535987_A/South_Carolina/     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229536131_A/Colorado/03/200     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229892752_A/Canada-NS/RV153     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 200 gi|229536102_A/Nebraska/02/200     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 194 gi|229892742_A/Canada-NS/RV153     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 200 gi|229484048_A/Canada-NS/RV153     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMELI 200 gi|237624329_A/swine/Alberta/O     DATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTIAMKLI 200 ***********************************************:**

gi|229536005_A/Kansas/03/2009      RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229783384_A/New_York/1669/2     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229536077_A/Indiana/09/2009     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|227831778_A/California/06/2     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|227831761_A/California/05/2     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229462701_A/Valencia/GP4/20     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229462713_A/Pais_Vasco/GP20     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229462689_A/Castilla-La_Man     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229536066_A/Texas/07/2009       RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229536024_A/Minnesota/02/20     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229536038_A/Arizona/02/2009     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229783405_A/New_York/1682/2     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|237511891_A/Mexico/4486/200     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|237511915_A/Mexico/4108/200     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|227977162_A/California/07/2     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229536012_A/Arizona/01/2009     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229598884_A/Texas/15/2009       RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229299508_A/Texas/05/2009       RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|227831792_A/Texas/05/2009       RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229299528_A/Texas/04/2009       RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|227831819_A/Texas/04/2009       RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|227977106_A/California/04/2     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|227809832_A/California/04/2     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229396465_A/Texas/06/2009       RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229462725_A/Castilla-La_Man     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229535799_A/Texas/09/2009       RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229535951_A/Texas/08/2009       RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229535999_A/Kansas/02/2009      RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|237511917_A/Mexico/4115/200     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229536057_A/New_York/20/200     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229396355_A/New_York/12/200     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229536051_A/New_York/20/200     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229396481_A/New_York/19/200     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|237511911_A/Mexico/4482/200     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|237511913_A/Mexico/4603/200     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|237511895_A/Mexico/4604/200     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229783369_A/Korea/01/2009       RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229535818_A/California/14/2     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229535905_A/Massachusetts/0     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229536096_A/Massachusetts/0     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229536109_A/Michigan/02/200     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229536123_A/New_York/13/200     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229535786_A/New_York/22/200     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229396367_A/New_York/06/200     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229396437_A/New_York/10/200     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229396377_A/New_York/11/200     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229396453_A/New_York/15/200     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229396393_A/New_York/18/200     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229396417_A/New_York/23/200     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229396406_A/New_York/31/200     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229598873_A/Ohio/07/2009        RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229396492_A/Ohio/07/2009        RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|237511901_A/Mexico/4516/200     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229892750_A/Canada-AB/RV153     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 250 gi|229892746_A/Canada-ON/RV152     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 250 gi|229892748_A/Canada-ON/RV152     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 250 gi|229484052_A/Canada-ON/RV152     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 250 gi|229892744_A/Mexico/InDRE411     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 250 gi|229484050_A/Mexico/InDRE448     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 250 gi|229396423_A/California/08/2     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229535987_A/South_Carolina/     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229536131_A/Colorado/03/200     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229892752_A/Canada-NS/RV153     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 250 gi|229536102_A/Nebraska/02/200     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 244 gi|229892742_A/Canada-NS/RV153     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 250 gi|229484048_A/Canada-NS/RV153     RMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 250 gi|237624329_A/swine/Alberta/O     RMIKRGIDDRNFWRGENGRRTRVAYERTCNILKGKFQTAAQRAMMDQVRE 250 *******:**************:**** **********************

gi|229536005_A/Kansas/03/2009      SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229783384_A/New_York/1669/2     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229536077_A/Indiana/09/2009     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|227831778_A/California/06/2     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|227831761_A/California/05/2     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229462701_A/Valencia/GP4/20     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229462713_A/Pais_Vasco/GP20     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229462689_A/Castilla-La_Man     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229536066_A/Texas/07/2009       SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229536024_A/Minnesota/02/20     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229536038_A/Arizona/02/2009     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229783405_A/New_York/1682/2     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|237511891_A/Mexico/4486/200     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|237511915_A/Mexico/4108/200     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|227977162_A/California/07/2     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229536012_A/Arizona/01/2009     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229598884_A/Texas/15/2009       SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229299508_A/Texas/05/2009       SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|227831792_A/Texas/05/2009       SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229299528_A/Texas/04/2009       SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|227831819_A/Texas/04/2009       SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|227977106_A/California/04/2     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|227809832_A/California/04/2     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229396465_A/Texas/06/2009       SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229462725_A/Castilla-La_Man     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229535799_A/Texas/09/2009       SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229535951_A/Texas/08/2009       SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229535999_A/Kansas/02/2009      SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|237511917_A/Mexico/4115/200     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229536057_A/New_York/20/200     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229396355_A/New_York/12/200     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229536051_A/New_York/20/200     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229396481_A/New_York/19/200     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|237511911_A/Mexico/4482/200     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|237511913_A/Mexico/4603/200     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|237511895_A/Mexico/4604/200     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229783369_A/Korea/01/2009       SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229535818_A/California/14/2     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229535905_A/Massachusetts/0     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229536096_A/Massachusetts/0     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229536109_A/Michigan/02/200     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229536123_A/New_York/13/200     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229535786_A/New_York/22/200     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229396367_A/New_York/06/200     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229396437_A/New_York/10/200     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229396377_A/New_York/11/200     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229396453_A/New_York/15/200     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229396393_A/New_York/18/200     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229396417_A/New_York/23/200     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229396406_A/New_York/31/200     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229598873_A/Ohio/07/2009        SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229396492_A/Ohio/07/2009        SRNPGNTEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|237511901_A/Mexico/4516/200     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229892750_A/Canada-AB/RV153     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 300 gi|229892746_A/Canada-ON/RV152     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 300 gi|229892748_A/Canada-ON/RV152     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 300 gi|229484052_A/Canada-ON/RV152     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 300 gi|229892744_A/Mexico/InDRE411     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 300 gi|229484050_A/Mexico/InDRE448     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 300 gi|229396423_A/California/08/2     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229535987_A/South_Carolina/     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229536131_A/Colorado/03/200     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229892752_A/Canada-NS/RV153     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 300 gi|229536102_A/Nebraska/02/200     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 294 gi|229892742_A/Canada-NS/RV153     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 300 gi|229484048_A/Canada-NS/RV153     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 300 gi|237624329_A/swine/Alberta/O     SRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE 300 ******:*******************************************

gi|229536005_A/Kansas/03/2009      GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229783384_A/New_York/1669/2     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229536077_A/Indiana/09/2009     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|227831778_A/California/06/2     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|227831761_A/California/05/2     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229462701_A/Valencia/GP4/20     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229462713_A/Pais_Vasco/GP20     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229462689_A/Castilla-La_Man     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229536066_A/Texas/07/2009       GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229536024_A/Minnesota/02/20     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229536038_A/Arizona/02/2009     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229783405_A/New_York/1682/2     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|237511891_A/Mexico/4486/200     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|237511915_A/Mexico/4108/200     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|227977162_A/California/07/2     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229536012_A/Arizona/01/2009     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229598884_A/Texas/15/2009       GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229299508_A/Texas/05/2009       GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|227831792_A/Texas/05/2009       GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229299528_A/Texas/04/2009       GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|227831819_A/Texas/04/2009       GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|227977106_A/California/04/2     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|227809832_A/California/04/2     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229396465_A/Texas/06/2009       GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229462725_A/Castilla-La_Man     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229535799_A/Texas/09/2009       GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229535951_A/Texas/08/2009       GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229535999_A/Kansas/02/2009      GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|237511917_A/Mexico/4115/200     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229536057_A/New_York/20/200     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229396355_A/New_York/12/200     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229536051_A/New_York/20/200     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229396481_A/New_York/19/200     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|237511911_A/Mexico/4482/200     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|237511913_A/Mexico/4603/200     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|237511895_A/Mexico/4604/200     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229783369_A/Korea/01/2009       GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229535818_A/California/14/2     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229535905_A/Massachusetts/0     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229536096_A/Massachusetts/0     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229536109_A/Michigan/02/200     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229536123_A/New_York/13/200     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229535786_A/New_York/22/200     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229396367_A/New_York/06/200     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229396437_A/New_York/10/200     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229396377_A/New_York/11/200     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229396453_A/New_York/15/200     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229396393_A/New_York/18/200     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229396417_A/New_York/23/200     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229396406_A/New_York/31/200     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229598873_A/Ohio/07/2009        GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229396492_A/Ohio/07/2009        GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|237511901_A/Mexico/4516/200     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229892750_A/Canada-AB/RV153     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 350 gi|229892746_A/Canada-ON/RV152     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 350 gi|229892748_A/Canada-ON/RV152     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 350 gi|229484052_A/Canada-ON/RV152     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 350 gi|229892744_A/Mexico/InDRE411     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 350 gi|229484050_A/Mexico/InDRE448     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 350 gi|229396423_A/California/08/2     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229535987_A/South_Carolina/     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRIS 344 gi|229536131_A/Colorado/03/200     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRIS 344 gi|229892752_A/Canada-NS/RV153     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 350 gi|229536102_A/Nebraska/02/200     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 344 gi|229892742_A/Canada-NS/RV153     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 350 gi|229484048_A/Canada-NS/RV153     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 350 gi|237624329_A/swine/Alberta/O     GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS 350 ************************************************:*

gi|229536005_A/Kansas/03/2009      SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVEIMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229783384_A/New_York/1669/2     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVEIMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229536077_A/Indiana/09/2009     SFIRGKKVIPRGKLSTRGIQIASNENVEIMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|227831778_A/California/06/2     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVEIMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|227831761_A/California/05/2     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVEIMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229462701_A/Valencia/GP4/20     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVEIMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229462713_A/Pais_Vasco/GP20     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVEIMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229462689_A/Castilla-La_Man     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVEIMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229536066_A/Texas/07/2009       SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVEIMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229536024_A/Minnesota/02/20     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVEIMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229536038_A/Arizona/02/2009     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVEIMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229783405_A/New_York/1682/2     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVEIMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|237511891_A/Mexico/4486/200     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVEIMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|237511915_A/Mexico/4108/200     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVEIMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|227977162_A/California/07/2     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229536012_A/Arizona/01/2009     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229598884_A/Texas/15/2009       SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229299508_A/Texas/05/2009       SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|227831792_A/Texas/05/2009       SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229299528_A/Texas/04/2009       SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|227831819_A/Texas/04/2009       SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|227977106_A/California/04/2     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|227809832_A/California/04/2     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229396465_A/Texas/06/2009       SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229462725_A/Castilla-La_Man     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229535799_A/Texas/09/2009       SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229535951_A/Texas/08/2009       SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229535999_A/Kansas/02/2009      SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|237511917_A/Mexico/4115/200     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229536057_A/New_York/20/200     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229396355_A/New_York/12/200     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229536051_A/New_York/20/200     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229396481_A/New_York/19/200     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|237511911_A/Mexico/4482/200     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|237511913_A/Mexico/4603/200     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|237511895_A/Mexico/4604/200     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229783369_A/Korea/01/2009       SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229535818_A/California/14/2     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229535905_A/Massachusetts/0     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229536096_A/Massachusetts/0     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229536109_A/Michigan/02/200     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229536123_A/New_York/13/200     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229535786_A/New_York/22/200     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229396367_A/New_York/06/200     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229396437_A/New_York/10/200     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229396377_A/New_York/11/200     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229396453_A/New_York/15/200     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229396393_A/New_York/18/200     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229396417_A/New_York/23/200     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229396406_A/New_York/31/200     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229598873_A/Ohio/07/2009        SFIRGKKMIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229396492_A/Ohio/07/2009        SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|237511901_A/Mexico/4516/200     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229892750_A/Canada-AB/RV153     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 400 gi|229892746_A/Canada-ON/RV152     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 400 gi|229892748_A/Canada-ON/RV152     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 400 gi|229484052_A/Canada-ON/RV152     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 400 gi|229892744_A/Mexico/InDRE411     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 400 gi|229484050_A/Mexico/InDRE448     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 400 gi|229396423_A/California/08/2     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMNSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229535987_A/South_Carolina/     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229536131_A/Colorado/03/200     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229892752_A/Canada-NS/RV153     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVEVMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 400 gi|229536102_A/Nebraska/02/200     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVEIMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 394 gi|229892742_A/Canada-NS/RV153     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVEIMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 400 gi|229484048_A/Canada-NS/RV153     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVEIMDSNTLELRSRYWAIRTRSGG 400 gi|237624329_A/swine/Alberta/O     SFIRGKKVIPRGKLSTRGVQIASNENVEIMYSNTLELRSRYWAIRTRSGG 400 *******:**********:********* * *******************

gi|229536005_A/Kansas/03/2009      NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229783384_A/New_York/1669/2     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229536077_A/Indiana/09/2009     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|227831778_A/California/06/2     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|227831761_A/California/05/2     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229462701_A/Valencia/GP4/20     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229462713_A/Pais_Vasco/GP20     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229462689_A/Castilla-La_Man     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229536066_A/Texas/07/2009       NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229536024_A/Minnesota/02/20     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229536038_A/Arizona/02/2009     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229783405_A/New_York/1682/2     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|237511891_A/Mexico/4486/200     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|237511915_A/Mexico/4108/200     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|227977162_A/California/07/2     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229536012_A/Arizona/01/2009     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229598884_A/Texas/15/2009       NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229299508_A/Texas/05/2009       NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|227831792_A/Texas/05/2009       NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229299528_A/Texas/04/2009       NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|227831819_A/Texas/04/2009       NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|227977106_A/California/04/2     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|227809832_A/California/04/2     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229396465_A/Texas/06/2009       NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229462725_A/Castilla-La_Man     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229535799_A/Texas/09/2009       NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229535951_A/Texas/08/2009       NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229535999_A/Kansas/02/2009      NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|237511917_A/Mexico/4115/200     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229536057_A/New_York/20/200     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229396355_A/New_York/12/200     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229536051_A/New_York/20/200     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229396481_A/New_York/19/200     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|237511911_A/Mexico/4482/200     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|237511913_A/Mexico/4603/200     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|237511895_A/Mexico/4604/200     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229783369_A/Korea/01/2009       NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229535818_A/California/14/2     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229535905_A/Massachusetts/0     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229536096_A/Massachusetts/0     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229536109_A/Michigan/02/200     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229536123_A/New_York/13/200     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229535786_A/New_York/22/200     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229396367_A/New_York/06/200     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229396437_A/New_York/10/200     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229396377_A/New_York/11/200     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229396453_A/New_York/15/200     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229396393_A/New_York/18/200     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229396417_A/New_York/23/200     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229396406_A/New_York/31/200     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229598873_A/Ohio/07/2009        NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229396492_A/Ohio/07/2009        NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|237511901_A/Mexico/4516/200     NANQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229892750_A/Canada-AB/RV153     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 450 gi|229892746_A/Canada-ON/RV152     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 450 gi|229892748_A/Canada-ON/RV152     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 450 gi|229484052_A/Canada-ON/RV152     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 450 gi|229892744_A/Mexico/InDRE411     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 450 gi|229484050_A/Mexico/InDRE448     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 450 gi|229396423_A/California/08/2     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229535987_A/South_Carolina/     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229536131_A/Colorado/03/200     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229892752_A/Canada-NS/RV153     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 450 gi|229536102_A/Nebraska/02/200     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 444 gi|229892742_A/Canada-NS/RV153     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 450 gi|229484048_A/Canada-NS/RV153     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 450 gi|237624329_A/swine/Alberta/O     NTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEV 450 *:************************************************

gi|229536005_A/Kansas/03/2009      IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229783384_A/New_York/1669/2     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229536077_A/Indiana/09/2009     IRMMENAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|227831778_A/California/06/2     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|227831761_A/California/05/2     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229462701_A/Valencia/GP4/20     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229462713_A/Pais_Vasco/GP20     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229462689_A/Castilla-La_Man     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229536066_A/Texas/07/2009       IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229536024_A/Minnesota/02/20     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229536038_A/Arizona/02/2009     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229783405_A/New_York/1682/2     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|237511891_A/Mexico/4486/200     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|237511915_A/Mexico/4108/200     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|227977162_A/California/07/2     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229536012_A/Arizona/01/2009     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229598884_A/Texas/15/2009       IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229299508_A/Texas/05/2009       IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|227831792_A/Texas/05/2009       IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229299528_A/Texas/04/2009       IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|227831819_A/Texas/04/2009       IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|227977106_A/California/04/2     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|227809832_A/California/04/2     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229396465_A/Texas/06/2009       IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229462725_A/Castilla-La_Man     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229535799_A/Texas/09/2009       IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229535951_A/Texas/08/2009       IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229535999_A/Kansas/02/2009      IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|237511917_A/Mexico/4115/200     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229536057_A/New_York/20/200     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229396355_A/New_York/12/200     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229536051_A/New_York/20/200     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229396481_A/New_York/19/200     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|237511911_A/Mexico/4482/200     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|237511913_A/Mexico/4603/200     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|237511895_A/Mexico/4604/200     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229783369_A/Korea/01/2009       IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229535818_A/California/14/2     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229535905_A/Massachusetts/0     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229536096_A/Massachusetts/0     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229536109_A/Michigan/02/200     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229536123_A/New_York/13/200     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229535786_A/New_York/22/200     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229396367_A/New_York/06/200     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229396437_A/New_York/10/200     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229396377_A/New_York/11/200     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229396453_A/New_York/15/200     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229396393_A/New_York/18/200     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229396417_A/New_York/23/200     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229396406_A/New_York/31/200     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229598873_A/Ohio/07/2009        IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229396492_A/Ohio/07/2009        IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|237511901_A/Mexico/4516/200     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229892750_A/Canada-AB/RV153     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 500 gi|229892746_A/Canada-ON/RV152     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 500 gi|229892748_A/Canada-ON/RV152     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 500 gi|229484052_A/Canada-ON/RV152     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 500 gi|229892744_A/Mexico/InDRE411     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 500 gi|229484050_A/Mexico/InDRE448     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 500 gi|229396423_A/California/08/2     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229535987_A/South_Carolina/     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229536131_A/Colorado/03/200     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229892752_A/Canada-NS/RV153     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 500 gi|229536102_A/Nebraska/02/200     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 494 gi|229892742_A/Canada-NS/RV153     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 500 gi|229484048_A/Canada-NS/RV153     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 500 gi|237624329_A/swine/Alberta/O     IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMSNEGSYFFGDNAE 500 *****.********************************************

gi|229536005_A/Kansas/03/2009      EYDS 498 gi|229783384_A/New_York/1669/2     EYDS 498 gi|229536077_A/Indiana/09/2009     EYDS 498 gi|227831778_A/California/06/2     EYDS 498 gi|227831761_A/California/05/2     EYDS 498 gi|229462701_A/Valencia/GP4/20     EYDS 498 gi|229462713_A/Pais_Vasco/GP20     EYDS 498 gi|229462689_A/Castilla-La_Man     EYDS 498 gi|229536066_A/Texas/07/2009       EYDS 498 gi|229536024_A/Minnesota/02/20     EYDS 498 gi|229536038_A/Arizona/02/2009     EYDS 498 gi|229783405_A/New_York/1682/2     EYDS 498 gi|237511891_A/Mexico/4486/200     EYDS 498 gi|237511915_A/Mexico/4108/200     EYDS 498 gi|227977162_A/California/07/2     EYDS 498 gi|229536012_A/Arizona/01/2009     EYDS 498 gi|229598884_A/Texas/15/2009       EYDS 498 gi|229299508_A/Texas/05/2009       EYDS 498 gi|227831792_A/Texas/05/2009       EYDS 498 gi|229299528_A/Texas/04/2009       EYDS 498 gi|227831819_A/Texas/04/2009       EYDS 498 gi|227977106_A/California/04/2     EYDS 498 gi|227809832_A/California/04/2     EYDS 498 gi|229396465_A/Texas/06/2009       EYDS 498 gi|229462725_A/Castilla-La_Man     EYDS 498 gi|229535799_A/Texas/09/2009       EYDS 498 gi|229535951_A/Texas/08/2009       EYDS 498 gi|229535999_A/Kansas/02/2009      EYDS 498 gi|237511917_A/Mexico/4115/200     EYDS 498 gi|229536057_A/New_York/20/200     EYDS 498 gi|229396355_A/New_York/12/200     EY-- 496 gi|229536051_A/New_York/20/200     EYDS 498 gi|229396481_A/New_York/19/200     EYDS 498 gi|237511911_A/Mexico/4482/200     EYDS 498 gi|237511913_A/Mexico/4603/200     EYDS 498 gi|237511895_A/Mexico/4604/200     EYDS 498 gi|229783369_A/Korea/01/2009       EYDS 498 gi|229535818_A/California/14/2     EYDS 498 gi|229535905_A/Massachusetts/0     EYDS 498 gi|229536096_A/Massachusetts/0     EYDS 498 gi|229536109_A/Michigan/02/200     EYDS 498 gi|229536123_A/New_York/13/200     EYDS 498 gi|229535786_A/New_York/22/200     EYDS 498 gi|229396367_A/New_York/06/200     EYDS 498 gi|229396437_A/New_York/10/200     EYDS 498 gi|229396377_A/New_York/11/200     EYDS 498 gi|229396453_A/New_York/15/200     EYDS 498 gi|229396393_A/New_York/18/200     EYDS 498 gi|229396417_A/New_York/23/200     EYDS 498 gi|229396406_A/New_York/31/200     EYDS 498 gi|229598873_A/Ohio/07/2009        EYDS 498 gi|229396492_A/Ohio/07/2009        EYDS 498 gi|237511901_A/Mexico/4516/200     EYDS 498 gi|229892750_A/Canada-AB/RV153     EYDS 504 gi|229892746_A/Canada-ON/RV152     EYDS 504 gi|229892748_A/Canada-ON/RV152     EYDS 504 gi|229484052_A/Canada-ON/RV152     EYDS 504 gi|229892744_A/Mexico/InDRE411     EYDS 504 gi|229484050_A/Mexico/InDRE448     EYDS 504 gi|229396423_A/California/08/2     EYDS 498 gi|229535987_A/South_Carolina/     EYDS 498 gi|229536131_A/Colorado/03/200     EYDS 498 gi|229892752_A/Canada-NS/RV153     EYDS 504 gi|229536102_A/Nebraska/02/200     EYDS 498 gi|229892742_A/Canada-NS/RV153     EYDS 504 gi|229484048_A/Canada-NS/RV153     EYDS 504 gi|237624329_A/swine/Alberta/O     EYDS 504 **

BLAST
>gb|ABA27433.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/MI/PU243/04 (H3N1))] gb|ABF17978.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/Ontario/RV1273/2005(H3N2))] gb|ABF17979.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Alberta/14722/2005(H3N2))] 6 more sequence titles gb|ABF17980.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/British Columbia/28103/2005(H3N2))] gb|ABF17981.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Manitoba/12707/2005(H3N2))] gb|ABF17982.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Ontario/33853/2005(H3N2))] gb|ABF17983.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/turkey/Ontario/31232/2005(H3N2))] gb|ABY70960.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/Ontario/1252/2007(H3N2))] gb|ACF04394.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Quebec/4001/2005(H3N2))] Length=504

Score = 1037 bits (2682), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 496/504 (98%), Positives = 502/504 (99%), Gaps = 0/504 (0%)

Query 1    MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDG  60 MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVG+MIGGIG+FYIQMCTELKLSDY+G Sbjct 1    MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGKMIGGIGKFYIQMCTELKLSDYEG  60

Query 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE  120 RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE Sbjct 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE  120

Query 121  EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180 EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR Sbjct 121  EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180

Query 181  RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAA  240 RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAA Sbjct 181  RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAA  240

Query 241  QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300 QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE Sbjct 241  QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300

Query 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP  360 GYSLVGIDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP Sbjct 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP  360

Query 361  RGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV  420 RGKLSTRGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV Sbjct 361  RGKLSTRGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV  420

Query 421  QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNP  480 QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVI+MMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+P Sbjct 421  QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIKMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSP  480

Query 481  IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS  504

>gb|ABY81789.2| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Korea/JNS06/2004(H3N2))] Length=504

Score = 1037 bits (2681), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 497/504 (98%), Positives = 502/504 (99%), Gaps = 0/504 (0%)

Query 1    MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDG  60 MSDIEAMA+QGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+G Sbjct 1    MSDIEAMATQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEG  60

Query 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE  120 RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE Sbjct 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE  120

Query 121  EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180 EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR Sbjct 121  EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180

Query 181  RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAA  240 RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR AYERMCNILKGKFQTAA Sbjct 181  RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRTAYERMCNILKGKFQTAA  240

Query 241  QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300 QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE Sbjct 241  QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300

Query 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP  360 GYSLVGIDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP Sbjct 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP  360

Query 361  RGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV  420 RGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV Sbjct 361  RGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV  420

Query 421  QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNP  480 QR+LPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+P Sbjct 421  QRSLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSP  480

Query 481  IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS  504

>gb|AAL87891.1|AF455701_1 nucleoprotein [Influenza A virus (A/Swine/North Carolina/93523/01 (H1N2))] Length=504

Score = 1036 bits (2680), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 497/504 (98%), Positives = 501/504 (99%), Gaps = 0/504 (0%)

Query 1    MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDG  60 MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+G Sbjct 1    MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEG  60

Query 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE  120 RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE Sbjct 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE  120

Query 121  EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180 EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR Sbjct 121  EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180

Query 181  RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAA  240 RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR AYERMCNILKGKFQTAA Sbjct 181  RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRTAYERMCNILKGKFQTAA  240

Query 241  QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300 QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE Sbjct 241  QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300

Query 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP  360 GYSLVGIDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP Sbjct 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP  360

Query 361  RGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV  420 RGKLSTRGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV Sbjct 361  RGKLSTRGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV  420

Query 421  QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNP  480 QRNLPFERATV+AAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+P Sbjct 421  QRNLPFERATVLAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSP  480

Query 481  IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS  504

>gb|ACF04386.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/mink/Nova Scotia/1055488/2007(H3N2))] Length=504

Score = 1036 bits (2679), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 495/504 (98%), Positives = 502/504 (99%), Gaps = 0/504 (0%)

Query 1    MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDG  60 MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVG+MIGGIG+FYIQMCTELKLSDY+G Sbjct 1    MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGKMIGGIGKFYIQMCTELKLSDYEG  60

Query 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE  120 RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE Sbjct 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE  120

Query 121  EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180 EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR Sbjct 121  EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180

Query 181  RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAA  240 RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAA Sbjct 181  RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAA  240

Query 241  QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300 QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE Sbjct 241  QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300

Query 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP  360 GYSLVGIDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP Sbjct 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP  360

Query 361  RGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV  420 RGKLSTRGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV Sbjct 361  RGKLSTRGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV  420

Query 421  QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNP  480 QRNLPFER+TVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVI+MMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+P Sbjct 421  QRNLPFERSTVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIKMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSP  480

Query 481  IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS  504

>gb|AAL87892.1|AF455702_1 nucleoprotein [Influenza A virus (A/Swine/Minnesota/55551/00 (H1N2))] Length=504

Score = 1034 bits (2673), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 495/504 (98%), Positives = 500/504 (99%), Gaps = 0/504 (0%)

Query 1    MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDG  60 MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQD TEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+G Sbjct 1    MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDTTEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEG  60

Query 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE  120 RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE Sbjct 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE  120

Query 121  EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180 EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR Sbjct 121  EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180

Query 181  RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAA  240 RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAA Sbjct 181  RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAA  240

Query 241  QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300 QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE Sbjct 241  QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300

Query 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP  360 GYSLVGIDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP Sbjct 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP  360

Query 361  RGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV  420 RGKLSTRGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV Sbjct 361  RGKLSTRGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV  420

Query 421  QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNP  480 QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSF+GRGVFELSDEKAT+P Sbjct 421  QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFKGRGVFELSDEKATSP  480

Query 481  IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 IVPSFDMSNEGSYFF DNAEEYDS Sbjct 481  IVPSFDMSNEGSYFFEDNAEEYDS  504

>gb|ABG34256.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Korea/S11/2005(H1N2))] Length=504

Score = 1033 bits (2672), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 492/504 (97%), Positives = 501/504 (99%), Gaps = 0/504 (0%)

Query 1    MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDG  60 MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIG+FY+QMCTELKLSDY+G Sbjct 1    MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGKFYVQMCTELKLSDYEG  60

Query 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE  120 RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE Sbjct 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE  120

Query 121  EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180 EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR Sbjct 121  EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180

Query 181  RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAA  240 RSGAAGAAVKGVGT+AMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAA Sbjct 181  RSGAAGAAVKGVGTVAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAA  240

Query 241  QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300 QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLAR+ALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE Sbjct 241  QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARTALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300

Query 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP  360 GYSLVGIDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP Sbjct 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP  360

Query 361  RGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV  420 RGKLSTRGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNT+QQK SAGQISVQPTFSV Sbjct 361  RGKLSTRGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTSQQKTSAGQISVQPTFSV  420

Query 421  QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNP  480 QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+P Sbjct 421  QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSP  480

Query 481  IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS  504

>gb|AAL87895.1|AF455705_1 nucleoprotein [Influenza A virus (A/Swine/Illinois/100085A/01 (H1N2))] Length=504

Score = 1033 bits (2672), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 495/504 (98%), Positives = 500/504 (99%), Gaps = 0/504 (0%)

Query 1    MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDG  60 MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIG+FYIQMCTELKLSDY+G Sbjct 1    MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGKFYIQMCTELKLSDYEG  60

Query 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE  120 RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE Sbjct 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE  120

Query 121  EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180 EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR Sbjct 121  EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180

Query 181  RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAA  240 RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENG RTR+AYERMCNILKGKFQTAA Sbjct 181  RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGPRTRIAYERMCNILKGKFQTAA  240

Query 241  QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300 QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE Sbjct 241  QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300

Query 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP  360 GYSLVGIDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP Sbjct 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP  360

Query 361  RGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV  420 RGKLSTRGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV Sbjct 361  RGKLSTRGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV  420

Query 421  QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNP  480 QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKA +P Sbjct 421  QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAASP  480

Query 481  IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS  504

>gb|ACP44183.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/California/07/2009(H1N1))] Length=498

Score = 1033 bits (2670), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 496/498 (99%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDK EIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKXEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 R ANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RLANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|ABA27441.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/IN/PU542/04 (H3N1))] Length=504

Score = 1033 bits (2670), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 494/504 (98%), Positives = 501/504 (99%), Gaps = 0/504 (0%)

Query 1    MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDG  60 MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIG+FYIQMCTELKLSDY+G Sbjct 1    MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGKFYIQMCTELKLSDYEG  60

Query 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE  120 RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLE+HP+AGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE Sbjct 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEDHPNAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE  120

Query 121  EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180 EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR Sbjct 121  EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180

Query 181  RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAA  240 RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAA Sbjct 181  RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAA  240

Query 241  QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300 QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE Sbjct 241  QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300

Query 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP  360 GYSLVGIDPFKLLQNSQV S +RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP Sbjct 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVFSXIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP  360

Query 361  RGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV  420 RGKLSTRGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV Sbjct 361  RGKLSTRGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV  420

Query 421  QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNP  480 QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+P Sbjct 421  QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSP  480

Query 481  IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS  504

>gb|ACH69553.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/OH/511445/2007(H1N1))] Length=504

Score = 1031 bits (2665), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 491/504 (97%), Positives = 501/504 (99%), Gaps = 0/504 (0%)

Query 1    MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDG  60 MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIG+FYIQMCTELKLSDY+G Sbjct 1    MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGKFYIQMCTELKLSDYEG  60

Query 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE  120 RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRR+DGKWMRELILYDKE Sbjct 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRIDGKWMRELILYDKE  120

Query 121  EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180 EIRR+WRQANNG+DATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR Sbjct 121  EIRRIWRQANNGDDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180

Query 181  RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAA  240 RSGAAGAAVKGVGTI MELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAA Sbjct 181  RSGAAGAAVKGVGTITMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAA  240

Query 241  QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300 QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE Sbjct 241  QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300

Query 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP  360 GYSLVGIDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP Sbjct 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP  360

Query 361  RGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV  420 RGKLSTRGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV Sbjct 361  RGKLSTRGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV  420

Query 421  QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNP  480 QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTE+IRMME+AKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+P Sbjct 421  QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEIIRMMENAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSP  480

Query 481  IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS  504

>gb|ABG34249.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Korea/S5/2005(H1N2))] gb|ABG34265.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Korea/S15/2006(H1N2))] Length=504

Score = 1029 bits (2661), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 491/504 (97%), Positives = 500/504 (99%), Gaps = 0/504 (0%)

Query 1    MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDG  60 MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIG+FY+QMCTELKLSDY+G Sbjct 1    MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGKFYVQMCTELKLSDYEG  60

Query 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE  120 RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKW+RELILYDKE Sbjct 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWIRELILYDKE  120

Query 121  EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180 EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR Sbjct 121  EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180

Query 181  RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAA  240 RSGAAGAAVKGVGT+AMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAA Sbjct 181  RSGAAGAAVKGVGTVAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAA  240

Query 241  QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300 QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVA KSCLPACVYGLAVASGHDFERE Sbjct 241  QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVARKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300

Query 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP  360 GYSLVGIDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP Sbjct 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP  360

Query 361  RGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV  420 RGKLSTRGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNT+QQK SAGQISVQPTFSV Sbjct 361  RGKLSTRGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTSQQKTSAGQISVQPTFSV  420

Query 421  QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNP  480 QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+P Sbjct 421  QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSP  480

Query 481  IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS  504

>gb|ACF25041.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/chicken/NY/21665-73/1998(H1N1))] Length=498

Score = 1028 bits (2659), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 491/498 (98%), Positives = 497/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 +DPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  VDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVETMDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVETMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|AAF73885.1|AF222775_1 nucleoprotein [Influenza A virus (A/Swine/Wisconsin/238/97(H1N1))] Length=498

Score = 1028 bits (2657), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 491/498 (98%), Positives = 497/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNEN+ETMDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENIETMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|AAG01771.1|AF251415_1 nucleoprotein [Influenza A virus (A/Swine/Iowa/533/99 (H3N2))] Length=498

Score = 1026 bits (2654), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 491/498 (98%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTE+IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEIIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|ACI48765.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Shanghai/1/2007(H1N2))] Length=498

Score = 1026 bits (2652), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 491/498 (98%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMME+AKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMENAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|ACE78008.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Korea/CAS08/2005(H1N1))] Length=498

Score = 1026 bits (2652), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 491/498 (98%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIG+FYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGKFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|ABR87894.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Guangxi/13/2006(H1N2))] Length=498

Score = 1026 bits (2652), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 491/498 (98%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 E+ATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  EKATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|ABQ41899.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/North Carolina/2003(H3N2))] Length=498

Score = 1026 bits (2652), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 490/498 (98%), Positives = 497/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIG+FYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGKFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNE+PAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNEDPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVI+MMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIKMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|AAA51481.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Nebraska/1/1992(H1N1))] Length=498

Score = 1026 bits (2652), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 491/498 (98%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|ACE78024.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Korea/CY07/2007(H3N2))] gb|ACE78026.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Korea/CY10/2007(H3N2))] Length=498

Score = 1025 bits (2651), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 491/498 (98%), Positives = 495/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MA+QGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MATQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRTAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>sp|P68042.1|NCAP_I88A5 RecName: Full=Nucleoprotein; AltName: Full=Nucleocapsid protein; Short=Protein N sp|P68043.1|NCAP_I88A7 RecName: Full=Nucleoprotein; AltName: Full=Nucleocapsid protein; Short=Protein N gb|AAA52254.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/Wisconsin/3523/1988(H1N1))] gb|AAA52267.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Iowa/17672/1988(H1N1))] gb|ABR29599.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Iowa/17672/1988(H1N1))] gb|ABY84688.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/California/T9001707/1991(H1N1))] gb|ACF25600.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/turkey/IA/21089-3/1992(H1N1))] gb|ACI26608.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Memphis/1/1990(H1N1))] Length=498

Score = 1025 bits (2651), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 490/498 (98%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|ACF17150.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Hainan/1/2005(H1N2))] Length=498

Score = 1025 bits (2650), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 491/498 (98%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSD++GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDHEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|ACE78018.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Korea/CAS05/2004(H3N2))] Length=498

Score = 1025 bits (2649), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 490/498 (98%), Positives = 495/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MA+QGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MATQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKG+GTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGIGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRTAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|ABU80404.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/Ohio/3559/1988(H1N1))] Length=498

Score = 1025 bits (2649), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 489/498 (98%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RG+QIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGIQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|ABS50125.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Iowa/31483/1988(H1N1))] Length=498

Score = 1025 bits (2649), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 489/498 (98%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTE+IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEIIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|AAB50974.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Beijing/94/1991(H1N1))] gb|ABR29569.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Maryland/23239/1991(H1N1))] Length=498

Score = 1025 bits (2649), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 489/498 (98%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLR+SSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRISSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|ABC59712.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/turkey/Ohio/313053/04(H3N2))] gb|ACD88663.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/turkey/OH/313053/2004(H3N2))] Length=498

Score = 1025 bits (2649), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 490/498 (98%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVG+MIGGIG+FYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGKMIGGIGKFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVI+MMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIKMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|ACE78022.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Korea/CY04/2007(H3N2))] gb|ACE78023.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Korea/CY05/2007(H3N2))] gb|ACE78025.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Korea/CY09/2007(H3N2))] Length=498

Score = 1024 bits (2648), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 491/498 (98%), Positives = 494/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANN EDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNSEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRTAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|ACE78007.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Korea/CAN01/2004(H1N1))] Length=498

Score = 1024 bits (2648), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 490/498 (98%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIG+FYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGKFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRV+GKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVNGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|ACD88652.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/turkey/NC/353568/2005(H3N2))] Length=498

Score = 1024 bits (2648), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 489/498 (98%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVG+MIGGIG+FYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGKMIGGIGKFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVI+MMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIKMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|ABW71525.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Iowa/24297/1991(H1N1))] Length=498

Score = 1024 bits (2648), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 489/498 (98%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVI+MMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIKMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|AAA51491.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/MD/12/1991(H1N1))] Length=498

Score = 1024 bits (2648), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 489/498 (98%), Positives = 495/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMA FSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAVFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|AAL87889.1|AF455699_1 nucleoprotein [Influenza A virus (A/Swine/Ohio/891/01(H1N2))] gb|AAL87896.1|AF455706_1 nucleoprotein [Influenza A virus (A/Swine/Illinois/100084/01 (H1N2))] Length=498

Score = 1024 bits (2647), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 490/498 (98%), Positives = 495/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIG+FYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGKFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKA +PIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAASPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|AAF73886.1|AF222776_1 nucleoprotein [Influenza A virus (A/Swine/Wisconsin/457/98(H1N1))] gb|AAF73887.1|AF222777_1 nucleoprotein [Influenza A virus (A/Swine/Wisconsin/458/98(H1N1))] gb|AAF73888.1|AF222778_1 nucleoprotein [Influenza A virus (A/Swine/Wisconsin/464/98(H1N1))] Length=498

Score = 1024 bits (2647), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 488/498 (97%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MA+QGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MATQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTA+QRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTASQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERAT+MAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATIMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|ACE78019.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Korea/CAN04/2005(H3N2))] gb|ACE78021.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Korea/CAS09/2006(H3N2))] Length=498

Score = 1023 bits (2646), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 490/498 (98%), Positives = 495/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQT AQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTTAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQ+ASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQRASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|ACF25610.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/turkey/IA/10271-3/1990(H1N1))] Length=498

Score = 1023 bits (2646), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 488/498 (97%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRE+ILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMREIILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENV+ MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQ+ASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVDAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQRASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|ACF25547.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/turkey/MN/366767/2005(H3N2))] Length=498

Score = 1023 bits (2645), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 489/498 (98%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIG+FYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGKFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 +TIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   MTIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATV+AAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVLAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|ACD88707.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/turkey/NC/19762/1988(H1N1))] Length=498

Score = 1023 bits (2644), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 488/498 (97%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQAN+GEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANSGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTE+IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEIIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|AAL87893.1|AF455703_1 nucleoprotein [Influenza A virus (A/Swine/Iowa/930/01(H1N2))] Length=498

Score = 1023 bits (2644), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 488/498 (97%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIG+FYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGKFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIAS+ENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASSENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ER+T+MAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERSTIMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|AAG01780.1|AF251423_1 nucleoprotein [Influenza A virus (A/Swine/Iowa/569/99 (H3N2))] Length=498

Score = 1023 bits (2644), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 490/498 (98%), Positives = 495/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLP RSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPIRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTE+IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEIIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|AAA74749.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/IN/1726/1988(H1N1))] gb|AAA74750.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/WI/1915/1988(H1N1))] gb|ABR29589.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Wisconsin/1915/1988(H1N1))] Length=498

Score = 1023 bits (2644), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 488/498 (97%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLVRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMME+AKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMENAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 M+NEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MNNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|AAF73879.1|AF222769_1 nucleoprotein [Influenza A virus (A/Swine/Wisconsin/136/97(H1N1))] Length=498

Score = 1022 bits (2643), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 488/498 (97%), Positives = 495/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMET GERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETSGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRN+PF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNIPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|AAZ79397.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Zhejiang/1/2004(H1N2))] Length=498

Score = 1022 bits (2643), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 487/498 (97%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRV+GKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVNGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLND+TYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDSTYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLR+SSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRISSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQ+ASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQRASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTE+IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEIIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|AAA73104.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/Ohio/3523/1988(H1N1))] Length=498

Score = 1022 bits (2643), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 488/498 (97%), Positives = 495/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RG+QIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGIQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKP DLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPVDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|ACF17145.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Guangxi/17/2005(H1N2))] Length=498

Score = 1022 bits (2642), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 491/498 (98%), Positives = 495/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMA HSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMARHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|ABR29579.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Kansas/3228/1987(H1N1))] gb|ABU80424.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Kansas/3024/1987(H1N1))] Length=498

Score = 1022 bits (2642), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 488/498 (97%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMME+AKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMENAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 M+NEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MNNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|AAL87894.1|AF455704_1 nucleoprotein [Influenza A virus (A/Swine/Indiana/P12439/00 (H1N2))] Length=498

Score = 1022 bits (2642), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 489/498 (98%), Positives = 495/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 IT+ERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDK+EIRRVW Sbjct 61   ITLERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKDEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFF DNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFEDNAEEYDS  498

>gb|ACI41026.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/turkey/NC/17026/1988(H1N1))] Length=498

Score = 1021 bits (2641), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 488/498 (97%), Positives = 495/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRN GNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNTGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTE+IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEIIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|ABI19011.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/Iowa/CEID23/2005(H1N1))] Length=498

Score = 1021 bits (2641), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 486/498 (97%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIG+FYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGKFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 IT+ERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITVERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGT+AMELIRMIKRGINDRNFWRGENGR+TR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTVAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRKTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRG+LST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGRLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMME+AKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMENAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|ABR29609.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Iowa/3/1985(H1N1))] gb|ABR29619.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Iowa/1/1985(H1N1))] gb|ABW86600.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Iowa/2/1985(H1N1))] Length=498

Score = 1021 bits (2641), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 487/498 (97%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RG+QIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGIQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMME+AKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMENAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 M+NEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MNNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|ABX58650.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Iowa/2/1987(H1N1))] Length=498

Score = 1021 bits (2640), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 487/498 (97%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 +DPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  VDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNEN+E MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNT+QQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENMEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTSQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|ACD35873.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/turkey/North Carolina/353568/2005(H3N2))] Length=498

Score = 1021 bits (2640), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 488/498 (97%), Positives = 495/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVG+MIGGIG+FYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGKMIGGIGKFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE M SNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMGSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVI+MMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIKMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|ABI84662.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/turkey/Minnesota/12537/1989(H1N1))] Length=498

Score = 1021 bits (2640), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 487/498 (97%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIY+RVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYKRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQR+LPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRSLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTE+IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEIIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|ACJ53886.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Korea/C13/2008(H5N2))] Length=498

Score = 1021 bits (2640), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 487/498 (97%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIG+FYIQMCTELKL+DY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGKFYIQMCTELKLNDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVA+GHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVANGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERAT+MAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATIMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEY+S Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYES  498

>gb|AAF73878.1|AF222768_1 nucleoprotein [Influenza A virus (A/Swine/Wisconsin/125/97(H1N1))] Length=498

Score = 1021 bits (2639), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 487/498 (97%), Positives = 495/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMET GERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETSGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYR+VDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRKVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRN+PF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNIPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|AAA73112.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/Wisconsin/3623/1988(H1N1))] Length=498

Score = 1021 bits (2639), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 487/498 (97%), Positives = 495/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAF+GNNEGRTSDMRT +IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFAGNNEGRTSDMRTGIIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|AAO88263.1|AF342819_1 nucleoprotein [Influenza A virus (A/Wisconsin/10/98 (H1N1))] Length=498

Score = 1021 bits (2639), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 489/498 (98%), Positives = 495/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPA+KSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAYKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPE LSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPETLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|ABR28739.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Wisconsin/641/1980(H1N1))] gb|ABR28750.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Wisconsin/661/1980(H1N1))] gb|ABR28761.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Wisconsin/8/1980(H1N1))] gb|ABS49958.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Wisconsin/629/1980(H1N1))] gb|ABU80280.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Wisconsin/663/1980(H1N1))] Length=498

Score = 1020 bits (2638), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 487/498 (97%), Positives = 495/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAF GNNEGRTSDMRTE+IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFIGNNEGRTSDMRTEIIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 M+NEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MNNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|ABY81430.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Iowa/1/1986(H1N1))] Length=498

Score = 1020 bits (2638), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 487/498 (97%), Positives = 495/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMREL LYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELTLYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE+MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVESMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAF GNNEGRTSDMRTE+IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFIGNNEGRTSDMRTEIIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 M+NEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MNNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|ABS50115.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Iowa/1/1987(H1N1))] Length=498

Score = 1020 bits (2637), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 486/498 (97%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RG+QIASNEN+E MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGIQIASNENMEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMME+AKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMENAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 M+NEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MNNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>sp|P26085.1|NCAP_I79A5 RecName: Full=Nucleoprotein; AltName: Full=Nucleocapsid protein; Short=Protein N gb|AAA52264.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Italy/2/1979(H1N1))] Length=498

Score = 1020 bits (2637), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 486/498 (97%), Positives = 495/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRR+DGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAF GNNEGRTSDMRTE+IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFIGNNEGRTSDMRTEIIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 M+NEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MNNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|ABI54394.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Korea/PZ72-1/2006(H3N1))] gb|ABI54395.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Korea/CN22/2006(H3N1))] Length=498

Score = 1019 bits (2636), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 486/497 (97%), Positives = 495/497 (99%), Gaps = 0/497 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIG+FYIQMCTELKL+DY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGKFYIQMCTELKLNDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVA+GHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVANGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERAT+MAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATIMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYD  503 MSNEGSYFFGDNAEEY+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYE  497

>gb|AAF73881.1|AF222771_1 nucleoprotein [Influenza A virus (A/Swine/Wisconsin/164/97(H1N1))] Length=498

Score = 1019 bits (2636), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 487/498 (97%), Positives = 494/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANN EDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNSEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLVRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQ KASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQHKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGD+AEEYD+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDSAEEYDN  498

>gb|ABB86885.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Alberta/56626/03(H1N1))] Length=498

Score = 1019 bits (2636), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 487/498 (97%), Positives = 494/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMI GIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMINGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 IT+ERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIY+RVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITVERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYKRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASA QISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASASQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|AAA73111.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/turkey/North Carolina/1790/1988(H1N1))] Length=498

Score = 1019 bits (2636), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 487/498 (97%), Positives = 494/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAA Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAV  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRG NGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGPNGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTE+IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEIIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|AAF75997.1|AF250127_1 nucleoprotein [influenza A virus (A/Swine/Indiana/9K035/99 (H1N2))] Length=498

Score = 1019 bits (2636), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 489/498 (98%), Positives = 494/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQ S Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQIS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDE+RNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDEKRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRTAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|ACE78010.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Korea/JL01/2005(H1N2))] gb|ACE78013.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Korea/Asan04/2006(H1N2))] Length=498

Score = 1019 bits (2636), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 486/498 (97%), Positives = 494/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIG+FYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGKFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRR+W Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRIW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANN EDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVR GMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNNEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRAGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLR+SSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRISSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE +DSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEALDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|AAF73880.1|AF222770_1 nucleoprotein [Influenza A virus (A/Swine/Wisconsin/163/97(H1N1))] gb|AAF73882.1|AF222772_1 nucleoprotein [Influenza A virus (A/Swine/Wisconsin/166/97(H1N1))] Length=498

Score = 1019 bits (2635), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 487/498 (97%), Positives = 494/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANN EDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNSEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQ KASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQHKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGD+AEEYD+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDSAEEYDN  498

>gb|ABR28640.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Minnesota/5892-7/1979(H1N1))] Length=498

Score = 1019 bits (2635), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 486/498 (97%), Positives = 495/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKL+DY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLNDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAF GNNEGRTSDMRTE+IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFIGNNEGRTSDMRTEIIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 M+NEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MNNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|ABY40429.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Missouri/2124514/2006(H2N3))] Length=498

Score = 1019 bits (2635), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 486/498 (97%), Positives = 495/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIG+FYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGKFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 +TIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   MTIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGL HIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLAHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGR+TR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRKTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRG+LST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGRLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMME+AKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMENAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|ABB86905.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Ontario/53518/03(H1N1))] Length=498

Score = 1019 bits (2635), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 485/498 (97%), Positives = 496/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIG+FYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGKFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIAS+ENVE MDSNTLELRSRYWAIRT+SGGNT+QQKASAGQISVQPTFSVQRN+PF Sbjct 361  RGVQIASSENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTKSGGNTSQQKASAGQISVQPTFSVQRNIPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ER+T+M+AFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERSTIMSAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|ABB86935.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Ontario/23866/04(H1N1))] Length=498

Score = 1019 bits (2634), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 485/498 (97%), Positives = 495/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRM+GGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMVGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIAS+E VE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASSETVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ER+T+MAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERSTIMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>sp|P15679.2|NCAP_I77AC RecName: Full=Nucleoprotein; AltName: Full=Nucleocapsid protein; Short=Protein N gb|AAA43455.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/24/1977(H1N1))] gb|ABD95716.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/25/1977(H1N1))] 12 more sequence titles gb|ABR28552.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/62/1977(H1N1))] gb|ABR28574.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/79/1977(H1N1))] gb|ABR28662.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Ontario/4/1981(H1N1))] gb|ABR28673.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Ontario/7/1981(H1N1))] gb|ABR28717.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Wisconsin/11/1980(H1N1))] gb|ABS49936.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Ontario/1/1981(H1N1))] gb|ABU80203.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/61/1977(H1N1))] gb|ABU80214.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/96/1977(H1N1))] gb|ABW36337.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Ontario/2/1981(H1N1))] gb|ABW36348.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Ontario/3/1981(H1N1))] gb|ABW36359.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Ontario/6/1981(H1N1))] gb|ABW36381.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Iowa/100/1977(H1N1))] Length=498

Score = 1018 bits (2633), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 486/498 (97%), Positives = 494/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS FIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSGFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAF GNNEGRTSDMRTE+IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFIGNNEGRTSDMRTEIIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 M+NEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MNNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|ABB86895.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Ontario/55383/04(H1N2))] Length=504

Score = 1018 bits (2633), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 486/504 (96%), Positives = 497/504 (98%), Gaps = 0/504 (0%)

Query 1    MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDG  60 MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQM TELKLSDY+G Sbjct 1    MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMRTELKLSDYEG  60

Query 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE  120 RLIQNSITIERM LSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRR +GKWMRELILYDKE Sbjct 61   RLIQNSITIERMALSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRANGKWMRELILYDKE  120

Query 121  EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180 EIRRVWRQAN GEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR Sbjct 121  EIRRVWRQANVGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180

Query 181  RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAA  240 RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAA Sbjct 181  RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAA  240

Query 241  QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300 QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRG+VAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE Sbjct 241  QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGAVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300

Query 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP  360 GYSLVGIDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLR+SSFIRGKKVIP Sbjct 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRISSFIRGKKVIP  360

Query 361  RGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV  420 RGKLSTRG+QIAS+ENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKAS+GQISVQPTFSV Sbjct 361  RGKLSTRGIQIASSENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASSGQISVQPTFSV  420

Query 421  QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNP  480 QRNLPFER+T+MAAF GNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNP Sbjct 421  QRNLPFERSTIMAAFRGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNP  480

Query 481  IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS  504

>gb|AAF73883.1|AF222773_1 nucleoprotein [Influenza A virus (A/Swine/Wisconsin/168/97(H1N1))] Length=498

Score = 1018 bits (2632), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 486/498 (97%), Positives = 494/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MA+QGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MATQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANN EDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNSEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQ KASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQHKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGD+AEEYD+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDSAEEYDN  498

>sp|P26084.1|NCAP_I76AG RecName: Full=Nucleoprotein; AltName: Full=Nucleocapsid protein; Short=Protein N gb|AAA52263.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Italy/437/1976(H1N1))] gb|ABQ45418.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/3/1976(H1N1))] 31 more sequence titles gb|ABQ45429.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/7/1976(H1N1))] gb|ABQ45440.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/15/1976(H1N1))] gb|ABQ45451.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/17/1976(H1N1))] gb|ABR15834.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/19/1977(H1N1))] gb|ABR15845.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/21/1977(H1N1))] gb|ABR15856.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/31/1977(H1N1))] gb|ABR15867.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/49/1977(H1N1))] gb|ABR15878.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/64/1977(H1N1))] gb|ABR28541.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/10/1977(H1N1))] gb|ABR28563.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/65/1977(H1N1))] gb|ABR28585.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/82/1977(H1N1))] gb|ABR28618.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Kentucky/1/1976(H1N1))] gb|ABR28651.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Nebraska/123/1977(H1N1))] gb|ABR28695.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/11/1978(H1N1))] gb|ABU80225.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/84/1977(H1N1))] gb|ABU80236.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/86/1977(H1N1))] gb|ABU80247.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/87/1977(H1N1))] gb|ABU80258.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/88/1977(H1N1))] gb|ABU80269.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/10/1978(H1N1))] gb|ABU80414.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/48/1977(H1N1))] gb|ABV29528.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/37/1977(H1N1))] gb|ABV45842.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/Wisconsin/301/1976(H1N1))] gb|ABW36326.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/23/1976(H1N1))] gb|ABW36370.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/10/1976(H1N1))] gb|ABW71507.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/2/1978(H1N1))] gb|ABW86578.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/5/1978(H1N1))] gb|ABW86589.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/8/1978(H1N1))] gb|ABX58672.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Wisconsin/30747/1976(H1N1))] gb|ABY51208.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/4/1978(H1N1))] gb|ABY51219.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/7/1978(H1N1))] gb|ACA96534.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/9/1978(H1N1))] Length=498

Score = 1018 bits (2632), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 485/498 (97%), Positives = 494/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRR+DGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS FIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSGFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAF GNNEGRTSDMRTE+IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFIGNNEGRTSDMRTEIIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 M+NEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MNNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|AAL87890.1|AF455700_1 nucleoprotein [Influenza A virus (A/Swine/North Carolina/98225/01(H1N2))] Length=504

Score = 1018 bits (2632), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 488/504 (96%), Positives = 496/504 (98%), Gaps = 0/504 (0%)

Query 1    MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDG  60 MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+G Sbjct 1    MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEG  60

Query 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE  120 RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE Sbjct 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE  120

Query 121  EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180 EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR Sbjct 121  EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180

Query 181  RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAA  240 RSGAAGAAVKG+GTIAM LIRMIKRGINDR+FWRGENGRRTR+A ERMCN+LKGKFQT A Sbjct 181  RSGAAGAAVKGIGTIAMGLIRMIKRGINDRDFWRGENGRRTRIACERMCNVLKGKFQTTA  240

Query 241  QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300 Q AMMDQVRESRNPGNAEIE IFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE Sbjct 241  QXAMMDQVRESRNPGNAEIEXXIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300

Query 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP  360 GYSLVGIDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP Sbjct 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP  360

Query 361  RGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV  420 RGKLSTRGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQ+ASAGQISVQPTFSV Sbjct 361  RGKLSTRGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQRASAGQISVQPTFSV  420

Query 421  QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNP  480 QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+P Sbjct 421  QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSP  480

Query 481  IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS  504

>gb|AAG01789.1|AF251431_1 nucleoprotein [Influenza A virus (A/Swine/Minnesota/593/99 (H3N2))] Length=498

Score = 1018 bits (2632), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 488/498 (97%), Positives = 494/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGY LVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYLLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+R NENPA+KSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRLNENPAYKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTE+IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEIIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>dbj|BAG49623.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Miyazaki/1/2006(H1N2))] Length=504

Score = 1018 bits (2632), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 484/504 (96%), Positives = 498/504 (98%), Gaps = 0/504 (0%)

Query 1    MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDG  60 MSDIE MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+G Sbjct 1    MSDIEIMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEG  60

Query 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE  120 RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMREL LYDKE Sbjct 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELTLYDKE  120

Query 121  EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180 EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR Sbjct 121  EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180

Query 181  RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAA  240 RSGAAGAAVKG+GTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAA Sbjct 181  RSGAAGAAVKGIGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAA  240

Query 241  QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300 QRAMMDQVRESR+PGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE Sbjct 241  QRAMMDQVRESRSPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300

Query 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP  360 GYSLVG+DPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS FIRGKKV+P Sbjct 301  GYSLVGVDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSGFIRGKKVVP  360

Query 361  RGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV  420 RGKLSTRGVQIASNE+VE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV Sbjct 361  RGKLSTRGVQIASNESVENMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV  420

Query 421  QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNP  480 QRNLPFERATVMAAF GNNEGRTSDMRTE+IRMME+AKPED+SFQGRGVFELSDEKATNP Sbjct 421  QRNLPFERATVMAAFIGNNEGRTSDMRTEIIRMMENAKPEDVSFQGRGVFELSDEKATNP  480

Query 481  IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 IVPSFDM+NEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  IVPSFDMNNEGSYFFGDNAEEYDN  504

>gb|ABY40441.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Missouri/4296424/2006(H2N3))] Length=498

Score = 1018 bits (2632), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 484/498 (97%), Positives = 495/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIG+FYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGKFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 +TIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   MTIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGL HIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLAHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGT+AMELIRMIKRGINDRNFWRGENGR+TR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTVAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRKTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRG+LST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGRLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERAT+MAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMME+AKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATIMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMENAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|ACE78009.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Korea/Hongsong2/2004(H1N2))] gb|ACE78012.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Korea/JL04/2005(H1N2))] Length=498

Score = 1018 bits (2631), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 485/498 (97%), Positives = 494/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIG+FYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGKFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRR+W Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRIW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANN EDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVR GMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNNEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRAGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLR+SSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRISSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE +DSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEALDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEE+DS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEFDS  498

>gb|ACE78011.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Korea/JL02/2005(H1N2))] gb|ACE78014.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Korea/PZ4/2006(H1N2))] gb|ACE78015.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Korea/PZ7/2006(H1N2))] gb|ACE78016.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Korea/PZ14/2006(H1N2))] gb|ACE78017.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Korea/CY08/2007(H1N2))] Length=498

Score = 1018 bits (2631), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 485/498 (97%), Positives = 494/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIG+FYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGKFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANN EDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVR GMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNNEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRAGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLR+SSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRISSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNE+VE +DSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNESVEALDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERAT+MAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATIMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|AAF73884.1|AF222774_1 nucleoprotein [Influenza A virus (A/Swine/Wisconsin/235/97(H1N1))] Length=498

Score = 1018 bits (2631), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 486/498 (97%), Positives = 494/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLVRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLP Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPL  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 E +TVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ESSTVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGD+AEEYD+ Sbjct 481  MSNEGSYFFGDSAEEYDN  498

>gb|ABR28629.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Minnesota/27/1976(H1N1))] gb|ABU80192.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Minnesota/24/1975(H1N1))] Length=498

Score = 1018 bits (2631), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 484/498 (97%), Positives = 494/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRR+DGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 +DPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS FIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  VDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSGFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAF GNNEGRTSDMRTE+IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFIGNNEGRTSDMRTEIIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 M+NEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MNNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|AAN46830.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/Swine/Korea/CY02/02(H1N2))] Length=504

Score = 1017 bits (2630), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 489/504 (97%), Positives = 494/504 (98%), Gaps = 0/504 (0%)

Query 1    MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDG  60 MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIG+FYIQMCTELKLSDY+G Sbjct 1    MSDIEAMASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGKFYIQMCTELKLSDYEG  60

Query 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE  120 RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE Sbjct 61   RLIQNSITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKE  120

Query 121  EIRRVWRQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPR  180 EIRRVWRQANN EDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVR GMDPRMCSLMQGSTLPR Sbjct 121  EIRRVWRQANNNEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRAGMDPRMCSLMQGSTLPR  180

Query 181  RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAA  240 RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGIN RNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAA Sbjct 181  RSGAAGAAVKGVGTIAMELIRMIKRGINGRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAA  240

Query 241  QRAMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300 QRAMMD VRESRNPG AEIED IFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE Sbjct 241  QRAMMDPVRESRNPGTAEIEDFIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFERE  300

Query 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIP  360 GYSLVGIDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFED RVSSFIRGKKVIP Sbjct 301  GYSLVGIDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDPRVSSFIRGKKVIP  360

Query 361  RGKLSTRGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV  420 RGK STRGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV Sbjct 361  RGKPSTRGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSV  420

Query 421  QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNP  480 QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+P Sbjct 421  QRNLPFERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSP  480

Query 481  IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  IVPSFDMSNEGSYFFGDNAEEYDS  504

>gb|ABA46961.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Minnesota/00395/2004(H3N1))] Length=495

Score = 1017 bits (2630), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 487/495 (98%), Positives = 493/495 (99%), Gaps = 0/495 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIG+FYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGKFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEE  501 MSNEGSYFFGDNAEE Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEE  495

>gb|ABR28728.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Wisconsin/2/1970(H1N1))] gb|ABV82588.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Wisconsin/1/1967(H1N1))] Length=498

Score = 1017 bits (2630), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 484/498 (97%), Positives = 493/498 (98%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRR+DGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTI MELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIVMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS FIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSGFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAF GNNEGRTSDMRTE+IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFVGNNEGRTSDMRTEIIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 M+NEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MNNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|ACE78020.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Korea/CAS07/2005(H3N2))] Length=498

Score = 1017 bits (2630), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 488/498 (97%), Positives = 493/498 (98%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEI RVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIGRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQAN GEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANIGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQT AQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTTAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQ+ASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQRASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|ABX58661.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Tennessee/3/1978(H1N1))] Length=498

Score = 1017 bits (2629), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 484/498 (97%), Positives = 494/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRR+DGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS FIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSGFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 +RATVMAAF GNNEGRTSDMRTE+IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  DRATVMAAFIGNNEGRTSDMRTEIIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 M+NEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MNNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|ABQ45462.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/swine/Iowa/1/1976(H1N1))] Length=498

Score = 1017 bits (2629), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 484/498 (97%), Positives = 494/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRR+DGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRIDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS FIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSGFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAF GNNEGRTSDMRTE+IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPI+PSFD Sbjct 421  ERATVMAAFIGNNEGRTSDMRTEIIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPILPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 M+NEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MNNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|ACD88520.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/turkey/KS/4880/1980(H1N1))] gb|ACD88696.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/chicken/PA/35154/1991(H1N1))] Length=498

Score = 1017 bits (2629), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 484/498 (97%), Positives = 493/498 (98%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRM+GGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMVGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTI MELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTITMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVS FIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSGFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDS+TLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSSTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATVMAAF GNNEGRTSDMRTE+IRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERATVMAAFIGNNEGRTSDMRTEIIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 M+NEGSYFFGDNAEEYD+ Sbjct 481  MNNEGSYFFGDNAEEYDN  498

>gb|ABB86875.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Ontario/57561/03(H1N1))] Length=498

Score = 1016 bits (2628), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 483/498 (96%), Positives = 495/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRM+GGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMVGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 ITIERM LSAFDERRN+YLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITIERMALSAFDERRNRYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIAS+ENVE MDSNTLELRSRYWAIRT+SGGNT+QQKASAGQISVQPTFSVQRN+PF Sbjct 361  RGVQIASSENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTKSGGNTSQQKASAGQISVQPTFSVQRNIPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ER+T+M+AFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERSTIMSAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>gb|ACD35866.1| nucleocapsid protein [Influenza A virus (A/turkey/Minnesota/366767/2005(H3N2))] Length=498

Score = 1016 bits (2628), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 486/498 (97%), Positives = 493/498 (98%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIG+FYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGKFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 +TIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   MTIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 I PFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST Sbjct 301  IGPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTF VQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFPVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ERATV+AAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMES KPEDLSFQGRGVFELSDEKAT+PIVPSFD Sbjct 421  ERATVLAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESVKPEDLSFQGRGVFELSDEKATSPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 MSNEGSYFFGDNAEEYDS Sbjct 481  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  498

>dbj|BAH02121.1| nucleoprotein [Influenza A virus (A/swine/Nakhon pathom/NIAH586-1/2005(H3N2))] Length=498

Score = 1016 bits (2628), Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust. Identities = 482/498 (96%), Positives = 494/498 (99%), Gaps = 0/498 (0%)

Query 7    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYDGRLIQNS  66 MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDY+GRLIQNS Sbjct 1    MASQGTKRSYEQMETGGERQDATEIRASVGRMIGGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNS  60

Query 67   ITIERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  126 IT+ERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW Sbjct 61   ITLERMVLSAFDERRNKYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRVDGKWMRELILYDKEEIRRVW  120

Query 127  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  186 RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG Sbjct 121  RQANNGEDATAGLTHIMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAG  180

Query 187  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRRTRVAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  246 AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGR+TR+AYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD Sbjct 181  AAVKGVGTIAMELIRMIKRGINDRNFWRGENGRKTRIAYERMCNILKGKFQTAAQRAMMD  240

Query 247  QVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  306 QVRESRNPGNAEIEDLIFL RSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG Sbjct 241  QVRESRNPGNAEIEDLIFLTRSALILRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGHDFEREGYSLVG  300

Query 307  IDPFKLLQNSQVVSLMRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVIPRGKLST  366 IDPFKLLQNSQV SL+RPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKV+PRGKLST Sbjct 301  IDPFKLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGKKVVPRGKLST  360

Query 367  RGVQIASNENVETMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQISVQPTFSVQRNLPF  426 RGVQIASNENVE MDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQ+SVQPTFSVQRNLPF Sbjct 361  RGVQIASNENVEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQKASAGQVSVQPTFSVQRNLPF  420

Query 427  ERATVMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMESAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  486 ER T+MAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMME+AKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD Sbjct 421  ERTTIMAAFSGNNEGRTSDMRTEVIRMMENAKPEDLSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFD  480

Query 487  MSNEGSYFFGDNAEEYDS  504 M+NEGSYFFGDNAEE+D+ Sbjct 481  MNNEGSYFFGDNAEEFDN  498